La primera actividad electoral de la República se da cuando la Junta de Gobierno Provisional, integrada por José Agustín Arango, Tomás Arias y Federico Boyd, expide el Decreto No. 25 de 12 de diciembre de 1903, convocando a elecciones para el 5 de enero de 1904 con el fin de elegir la Convención Nacional Constituyente. Para la organización de las elecciones, se crearon Juntas Electorales en cada provincia, compuestas por cuatro miembros, cada uno con su respectivo suplente, nombrados todos por la Junta de Gobierno Provisional.

En la Constitución Política aprobada en 1904 por la Asamblea Nacional Constituyente, solamente encontramos dos temas electorales: el del sufragio y el de la ciudadanía y no hay referencia constitucional a ninguna autoridad electoral.

Ese mismo año, se expide la Ley 89 de 7 de julio, bajo la administración del Dr. Manuel Amador Guerrero, y se crea el Consejo Electoral de la República con jurisdicción en todo el país, integrado por cinco miembros principales nombrados cada dos años por la Asamblea Nacional. También se crearon Ayuntamientos Electorales con jurisdicción en cada provincia, y Jurado Municipales de Elecciones con jurisdicción en cada distrito. Cada uno hacía el escrutinio y proclamaba los resultados correspondientes a su circunscripción.

Mediante la Ley 1 de 22 de Agosto de 1916, bajo la Presidencia del Dr. Belisario Porras, se adopta el Código Administrativo que contiene un título dedicado al tema de las elecciones y en el cual se reglamenta toda la materia electoral. Se le cambia el nombre al Consejo Electoral de la República por el de Jurado Nacional de Elecciones y los Ayuntamientos Electorales se llamarán Jurados Provinciales.

En 1925 se adopta la tercera legislación general en materia electoral con la Ley 60 de 31 de marzo, bajo la administración del Presidente Rodolfo Chiari. En cuanto a las autoridades electorales, se reducen a tres niveles: el nacional, distritorial y mesa de votación, eliminando el nivel provincial. Con la ley, también se cambia la nomenclatura de las corporaciones por la de Jurado Nacional de Elecciones, Jurados Distritoriales y Jurados de Votación. El Jurado Nacional de Elecciones asume el escrutinio y proclamación de los Diputados, además de la del Presidente de la República. Se incrementan los requisitos para ser miembro del Jurado Nacional al exigir que se debe tener los mismos que para gestionar como abogado ante la Corte Suprema de Justicia o haber desempeñado los cargos de Magistrado de la Corte, Secretario de Estado o Procurador General de la Nación.

En 1930 bajo la administración del Presidente Florencio Harmodio Arosemena, se actualiza la legislación electoral mediante Ley 28 de 5 de Noviembre y se amplía el período de nombramiento de los miembros del Jurado Nacional de Elecciones de dos a cuatro años y el número de sus integrantes de cinco a siete. Los dos adicionales vienen a ser el último Presidente de la Asamblea y el Presidente de la Corte Suprema de Justicia, quien presidirá el Jurado ex-oficio.

El 4 de diciembre de 1934, bajo la administración del Presidente Harmodio Arias Madrid, se aprueba la Ley 29 y se cambia el mecanismo a través del cual la Asamblea Nacional debía hacer la elección de los miembros del Jurado Nacional de Elecciones. A este efecto, se decide que la elección será por bancadas de los partidos representados en la Asamblea y de acuerdo al número de legisladores de cada bancada, para que todas las bancadas estén representadas en el Jurado pero de acuerdo al tamaño de cada bancada. Se establece para ello un mecanismo de cuociente electoral.

En nuestra segunda Constitución Política, que entra en vigencia el 2 de Enero de 1941, bajo la Administración del Dr. Arnulfo Arias Madrid, se crea la primera autoridad electoral a nivel constitucional, convirtiendo al Jurado Nacional de Elecciones en un tribunal electoral pero que retiene su nombre de Jurado para quedar integrado por cinco miembros así: el Presidente de la Corte Suprema de Justicia, quien lo presidiría, un Ministro de Estado escogido libremente por el Presidente, un Diputado y dos ciudadanos que no tengan función oficial alguna, escogidos estos dos últimos por la Asamblea Nacional en una sola sesión, debiendo votar cada diputado por un solo candidato, y declarando elegido al diputado y dos ciudadanos que hubieren obtenido la mayoría de votos.

En 1941, se expide la Ley 98 de 5 de julio, con el fin de actualizar el sistema electoral y se establece que el Jurado Nacional es un organismo permanente sin tener período fijo.

El 4 de Marzo de 1946 entra en vigencia nuestra tercera Constitución Política, aprobada por la Segunda Asamblea Nacional Constituyente, y se crea un organismo electoral que mantiene el nombre de Jurado Nacional de Elecciones, cuya elección, composición y atribuciones determinará la ley sobre el principio de la representación proporcional y garantizando la fiscalización de sus funciones por los partidos y agrupaciones políticas no representados en ésta.

El 19 de Septiembre de 1946, mediante Ley 39 y en la Administración del Presidente Enrique A. Jiménez, se aprueba la reglamentación aplicable a las elecciones populares, y se establece que la integración del Jurado Nacional de Elecciones, se hará en base a siete miembros, elegidos por la Asamblea Nacional conforme a un sistema de cuociente electoral obtenido al dividir el número de diputados entre siete. Cada diputado votaba por un principal y dos suplentes, declarándose elegido a quien alcanzare el cuociente. Si quedasen puestos por llenar, serían asignados a los candidatos que hubiesen alcanzado más votos. Para ser miembro del Jurado Nacional bastaba tener 25 años, ser panameño por nacimiento y estar en pleno goce de los derechos civiles y políticos. Se concede a cada partido político el derecho de tener representante ante el Jurado Nacional, a base de enviar una nómina de tres personas con sus respectivos suplentes, para que de dicha lista el Jurado escoja a los representantes del partido.

En 1956 se aprovecha la renovación de la Asamblea Legislativa, con ocasión de las elecciones generales para reformar la Constitución Política y la Asamblea saliente aprueba el Acto Legislativo No. 2 de 16 de febrero, que luego es ratificado por la Asamblea entrante que expide el Acto Legislativo No. 2 de 24 de Octubre, y se adoptan una serie de medidas en materia electoral que pueden ser consideradas las más importantes del sistema electoral hasta esa fecha. El cambio constitucional se logra gracias tanto al Presidente saliente, Ricardo Arias Espinosa, como al Presidente entrante, Ernesto de la Guardia Jr. Se crea el Tribunal Electoral como se le conoce hoy, como una entidad independiente de los Organos Ejecutivo y Judicial, con competencia privativa en materia electoral, e integrado por los tres Organos del Estado, cada uno nombrando un Magistrado por doce años. Se crea la jurisdicción penal electoral a cargo del Tribunal Electoral. También se le asigna la función de participar en los trámites de las solicitudes de naturalización, y se le encomienda la responsabilidad de expedir la cédula de identidad personal a todos los ciudadanos.

En 1958, mediante Ley 25 de 30 de enero, se aprueba el primer Código Electoral y se reglamenta la jurisdicción penal electoral recién adscrita al Tribunal en la reforma constitucional de 1956, estableciendo que en representación de la sociedad, actuará el Ministerio Público por conducto del Procurador General o del Procurador Auxiliar. Para dejar establecida la independencia y autonomía financiera del Tribunal Electoral, se establece que tendrá sus partidas de gastos de manera separada a las del Organo Ejecutivo y Judicial.

En 1972, mediante Decreto de Gabinete No. 2 de la Junta Provisional de Gobierno, se adopta el Estatuto de las elecciones populares de 1972, para elegir a los primeros representantes de corregimiento, y, entre otras disposiciones, se crea en el Tribunal Electoral una Fiscalía Electoral a cargo de un Fiscal nombrado por el Organo Ejecutivo para representar los intereses de la sociedad en todos los asuntos del conocimiento del Tribunal, así como para perseguir los delitos electorales.

La cuarta Constitución Política, aprobada en 1972 por la Tercera Asamblea Nacional Constituyente, bajo el liderazgo del General Omar Torrijos Herrera, reduce el período de los Magistrados del Tribunal Electoral a siete años y solamente el que debía designar la Corte Suprema de Justicia tenía que ser abogado. Se crea la Fiscalía Electoral con rango constitucional, como una agencia independiente y coadyuvante del Tribunal, cuyas funciones serán determinadas por la Ley.

En 1974 se expide la Ley 100 de 30 de diciembre, bajo la administración del Presidente Demetrio Basilio Lakas, para reorganizar el Registro Civil y se establece como una dependencia del Tribunal Electoral.

El 10 de Febrero de 1978, bajo la misma administración política, y desarrollando disposiciones constitucionales, se expide la Ley 4, Orgánica del Tribunal Electoral y de la Fiscalía Electoral.

El 24 de abril de 1983, bajo la administración civil del Presidente Ricardo de la Espriella Jr., y militar del General Rubén Darío Paredes, se aprueba en referéndum un paquete de reformas a la Constitución Política de 1972. En materia electoral, se instituye que el Tribunal Electoral tiene la función de garantizar la libertad, honradez y eficacia del sufragio popular. Se le reconoce patrimonio propio, derecho de administrarlo y se le da constitucionalmente la responsabilidad del registro civil de las personas. Los tres magistrados deben ser abogados al tener que cumplir con los mismos requisitos que para ser Magistrado de la Corte Suprema de Justicia. En las normas aplicables a la Fiscalía Electoral, se aclara que el Fiscal Electoral será nombrado por el Ejecutivo, pero sujeto dicho nombramiento a la aprobación del Legislativo.