La Junta Nacional de Escrutinio (JNE) es una corporación electoral autónoma e independiente del TE, que tiene por ley las funciones temporales relacionadas con el escrutinio general de los votos emitidos en la elección para presidente y vicepresidente de la República, así como para diputados al Parlamento Centroamericano durante las elecciones generales, y está conformada por personas de honorable reputación que trabajan ad honorem desde cinco meses antes de los comicios. Se trata de panameños y panameñas sin vinculación política y cuyas designaciones son sometidas a consulta previa ante el Consejo Nacional de Partidos Políticos (CNPP), quienes dan su aval para, en conjunto con representantes de los candidatos presidenciales de libre postulación, integrar este organismo autónomo e independiente. La JNE es una garantía de independencia, ya que recibe las actas circuitales respaldadas por las actas de las mesas de votación en el respectivo circuito, todas en papel, y suscritas por los miembros de cada corporación electoral a nivel de mesa y circuito, que incluyen a todos los representantes de los partidos políticos y candidatos de libre postulación que estuvieron presentes al momento de la elaboración de cada una de ellas.
